Simples, sugiro que os corpos de Nagato/Pain não tenham chakra próprio, sugiro que eles utilizem chakra do corpo principal no caso o Nagato, como mostrado do Anime/Mangá, Nagato através de uma máquina, passa o chakra para os corpos, e não, do nada, eles ganham chakra, além de que, eles terem o próprio chakra é bem OP, visto que, o chakra do Nagato fica intacto, o chakra dos corpos a maioria que tu nao usa fica intacto, tu vai poder usar uns 200 jutsus e ainda vai ter chakra pra mais 50. .-.